Cell2SentenceОткритий фреймворк, який перетворює одиночну експресію генів на «відклик» клітини, щоб LLM міг аналізувати й генерувати біологічні погляди.

Програмні засоби Cell2Sentence виступають як відкритий фреймворк для перетворення даних генетичного експресії окремих клітин в "клітинні пропозиції" для аналізу та генерації розуміння великими мовними моделями (НЛАМ). Воно передбачає ранжувальну трансформацію векторів експресії в пропозиції клітин, які містять окремо розташовані імена генів у порядку зниження експресії. Цей процес дозволяє НЛАМ натуралістично моделювати дані одно-клітинної РНК-секвенування (ОКРНС) засобом природної мови. Даний фреймворк містить моделі C2S-Scale, що об'єднують транскрипомічну й текстову дані й забезпечують підвищений рівень виконання завдань щодо окремих клітин типу передбачення порушень, підсумовування даних, створення підписів до кластерів й відповідей на біологічні запитання. Моделі C2S-Scale наявні для доступу у Hugging Face і мають базові архітектури такі, як Pythia та Gemma-2. Застосування програмного засобу адресовано вченим і спеціалістам, що працюють з данними транскрипоміки окремих клітин. Фреймворк було оновлено за новими моделями та функціями, які включають підтримку тонкої налаштування на спеціальних шаблонах попередніх запитів та оформлення декількох клітин в одне попереднє запит. Крім того, воно включає комплект моделей на основі(Pythia), призначений для прогнозування типу клітин, генерування залежного від типу клітини та різноманітної мультиклітинної багатотаскової моделі, що навчалась на більше ніж 57 мільйонів клітин людини та миші. Рамковий комплекс Cell2Sentence належить до добре прокоментованої та забезпечує навчальні матеріали для користування, які включають приклади fine-tuning і форматування мульти-елементних запитів. Розробка Cell2Sentence включає в себе лабораторію ван Дік і була опублікована у попереднім виданні у bioRxiv. Даний інструмент забезпечує наступну-генераційну відкриття відокремлених клітин за допомогою LLM.